47.

После поражения на Зарабукале и подавления восстания в Самарканде эмир Музаффар и его окружение решили, что дальнейшее продолжение войны с царской армией бесполезно. Поэтому, посоветовавшись с ближайшими сановниками, эмир 23 июня  1868 года отправил своего посла в Самарканд с соглашением на заключение мирного договора. Это предложение Кауфман принял.

По договору эмир должен был внести в царскую казну контрибуцию в размере 125 тысяч тиля (500 тысяч рублей). От ханства были отторгнуты Самарканд, Ката-Курган и земле в верховьях Зарафшана, которые вошли в состав Российской империи. Вместе с тем эмир был лишен права вести дипломатические сношения с зарубежными странами. В договоре обращалось внимание и на развитие торговых отношений. Так, российским купцам на территории ханства предоставлялась свобода передвижения, право иметь караван-сараи и приобретать недвижимое имущество. Эмир Музаффар был оставлен на престоле как вассал русского государства. Так Бухарское ханство утратило свою самостоятельность. Музаффар покорно выполнял все условия мирного договора.

Бухарский эмир Музаффар (1860-1885) уступил России район Самарканда,  согласился на свободу торговли русских купцов на территории ханства и отказался от права ведения самостоятельной внешней политики. Несколько позже, в конце XIX века, Бухара была включена в таможенные границы России, на ее территории были размещены гарнизоны царских войск. Правители Бухары, особенно последние эмиры, Абдул-Ахад (1885-1910 гг.), Сеид-Алимхан (1910-1920), хорошо понимали значение поддержки царского правительства в обеспечении условий эксплуатации, подавление попыток недовольства народных масс ханства. Поэтом они оказывали всяческое действие царскому правительству, за то получали не только различные чины и награды, но же вскоре после 1868 года закрепили за собой ряд новых территорий (Восточную Бухару, Шахрисабз, припамирские бекства).